无论丙型肝炎病毒（HCV）感染的流行病学模式如何，50％~70％的急性丙型肝炎会转为慢性；即使在急性丙型肝炎后转氨酶水平恢复正常的病例中，慢性感染也很常见，使得急性丙型肝炎后慢性HCV感染的可能性高达85％。随访20年，20％~25％的慢性丙型肝炎患者进展为肝硬化。这种情况也可能发生在临床症状较轻的慢性肝炎患者，包括无症状、转氨酶仅轻度升高、肝活检提示轻度慢性肝炎的患者。
约1/3的慢性丙型肝炎患者转氨酶水平正常或接近正常；这些患者中有1/3～1/2肝活检表现为慢性丙型肝炎，但绝大多数患者肝损伤的分级和肝纤维化的分期往往较轻。部分患者肝损伤可能更为严重（肝硬化少见），很可能是既往组织学炎症坏死活动所致。
慢性丙型肝炎的进展很快，且终末期慢性丙型肝炎可能导致肝衰竭，但大多数慢性丙型肝炎患者的长期（10～20年以上）预后还是相对良好的。输血相关慢性丙型肝炎患者与配对组未发生丙型肝炎的输血患者10～20年的死亡率并无差异。
总体来说，绝大多数慢性丙型肝炎患者的进展非常缓慢和隐匿，然而约１／４的慢性丙型肝炎患者最终会进展为终末期肝硬化。事实上，由于HCV感染非常普遍，且部分患者最终会进展为终末期肝病，因此丙型肝炎是肝移植最常见的指征。
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