针对长春长生疫苗案，国家药监局91亿元的行政处罚金额，是目前为止国内对于药企违法行为开出的最高罚单。高额处罚在一定程度上对企业产生震慑作用，但如何通过监管体系来避免类似事件再次出现更为重要。有接近国家药监局的专家向健康点独家披露，《关于改革和完善疫苗管理体制的意见》即将出台，国家药监局拟成立疫苗监管研究中心，对疫苗企业派驻驻厂监督员。中商产业研究院数据显示，中国是全球最大的人用疫苗生产国，2012-2015年，疫苗产业产值保持在150亿元左右，近年来，产值增长缓慢。这一新政意味着，数百亿市场规模的中国疫苗产业的监管体制，或将迎来巨大变革。
具体来说，国家药品监督管理局撤销长春长生公司狂犬病疫苗（国药准字S20120016）药品批准证明文件；撤销涉案产品生物制品批签发合格证，并处罚款1203万元。吉林省食品药品监督管理局吊销其《药品生产许可证》；没收违法生产的疫苗、违法所得18.9亿元，处违法生产、销售货值金额三倍罚款72.1亿元，罚没款共计91亿元。
2014年9月19日，英国药企葛兰素史克在中国因行贿被处罚金30亿元，成为当时中国对制药企业开出的最大罚单，此次长春长生公司91亿元则刷新了这一记录。
国家药监局的行政处罚决定书载明，长春长生公司存在以下八项违法事实：一是将不同批次的原液进行勾兑配制，再对勾兑合批后的原液重新编造生产批号；二是更改部分批次涉案产品的生产批号或实际生产日期；三是使用过期原液生产部分涉案产品；四是未按规定方法对成品制剂进行效价测定；五是生产药品使用的离心机变更未按规定备案；六是销毁生产原始记录，编造虚假的批生产记录；七是通过提交虚假资料骗取生物制品批签发合格证；八是为掩盖违法事实而销毁硬盘等证据。
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